郑明月
中国科学院上海药物研究所 · 研究员、课题组长
国家杰出青年科学基金获得者
个人简介
郑明月现任中国科学院上海药物研究所研究员、课题组长、博士生导师，获国家杰出青年科学基金资助。2001年获中国海洋大学药物化学学士学位，2006年获上海药物所药物设计学博士学位，随后留所工作，历任助理研究员、副研究员。长期研究大数据和人工智能药物设计，重点涉及药物靶点发现、蛋白质与小分子相互作用、分子生成及成药性优化。团队建设化学信息抽取和药物数据平台，开发结构与表型驱动的计算方法，并开展抗肿瘤等应用研究。
专业成就
1. 带领团队建立化学信息抽取与超大规模分子数据平台，为人工智能药物发现提供可复用的数据资源。
2. 在蛋白质结构与表型驱动药物设计两条路线形成系列算法，推动计算筛选与作用机制分析相结合。
3. 团队化学图像识别技术在2021年Kaggle分子翻译全球挑战赛中夺冠，并发展为在线信息提取平台。
科研成果
1. 作为通讯作者参与开发SurfDock，利用蛋白质表面信息构建几何扩散生成模型，预测配体结合构象并用于结构虚拟筛选；成果发表于Nature Methods。
2. 团队提出ReactSeq反应描述语言，以分子编辑操作编码化学反应，支持逆合成预测、反应表征与检索；郑明月为通讯作者，2025年发表于Nature Machine Intelligence。
3. 作为共同通讯作者参与PertKGE研究，将微扰转录组与知识图谱嵌入结合，用于预测化合物与蛋白质相互作用；相关成果发表于2024年Cell Genomics。
企业成果
1. 其团队与华为合作开发盘古药物分子大模型，并以DrugSpaceX超大规模成药性分子数据库支撑人工智能药物研发；属于明确公开的团队企业合作成果。
荣誉奖项
国家杰出青年科学基金资助
2021年：第十五届药明康德生命化学研究奖
2015年：赛诺菲-中科院上海生科院优秀青年人才奖
2014年：中国药学会施维雅青年药物化学奖
行业贡献
1. 参与主编《人工智能与药物设计》，与其他编著者系统整理算法、数据与药物设计应用，支持交叉领域教学和科研参考。
2. 担任中国计算机学会数字医学分会执行委员及中国生物信息学学会药物发现专委会委员，参与专业学术交流。
3. 担任Molecular Diversity副主编及npj Drug Discovery编委，参与计算药物发现相关学术出版工作。